Museo Avellonia
Le client
Museo Avellonia est le portail en ligne de la collection privée de lépidoptères (papillons diurnes et nocturnes) de Göran Sjöberg, conservée à Villa Avellonia : une archive structurée de ses spécimens, conçue pour les chercheurs et le grand public. Le Pr Markus Franzén a commandé le site, qui côtoie deux sites jumeaux conçus pour lui, le Quercus Project et Biodiversa.
Son public est composé de chercheurs experts et de membres du grand public intéressés qui souhaitent consulter un spécimen et sa taxonomie. Le site doit fonctionner de deux manières à la fois : une référence publique qui se lit clairement pour un visiteur sans formation, et un établi de conservateur permettant de transformer la photographie d’une boîte de spécimens en fiches structurées et interrogeables.
Numérisation d'une boîte de spécimens
Une boîte à spécimens peut contenir des dizaines de spécimens épinglés individuellement, chacun avec sa propre étiquette imprimée. Le tableau de bord du conservateur importe une photographie de chaque boîte depuis un dossier Google Drive partagé et la traite à l'aide d'un modèle de vision par ordinateur, le Segment Anything Model (SAM), qui propose une région pour chaque spécimen qu'il détecte. Le conservateur confirme, ajuste ou redessine une région, et ajoute toutes celles que le modèle a manquées, plutôt que de les dessiner toutes à partir de zéro.
Ces régions sont stockées dans trois espaces de coordonnées imbriqués, exprimés en pourcentage plutôt qu'en coordonnées en pixels : la position d'un spécimen dans la boîte, la position d'une étiquette dans le spécimen, et la position d'une découpe dans l'étiquette. Comme aucun des trois n'est lié à une grille de pixels fixe, la même région reste correctement alignée lorsque l'image sous-jacente est servie à une taille différente, depuis une vue complète en zoom profond jusqu'à une vignette.
En un coup d'œil
- Client
- Prof. Markus Franzén, pour la collection de Göran Sjöberg à Villa Avellonia
- Collection
- Spécimens de lépidoptères (papillons de jour et de nuit), leur taxonomie, leurs localités et les médias associés
- Plateforme
- Drupal 11
- Site
- museo.avellonia.se
- Statut
- Réalisé ; le transfert vers le domaine propre de la collection reste à venir
- Produits MADDev
- Species External Entity, External Entities
Ce que nous avons construit
- Un modèle de contenu structuré pour les spécimens, leur taxonomie, leurs localités de collecte et les médias associés
- Le même enrichissement des espèces que les sites du Quercus Project et de Biodiversa, à partir du Catalogue of Life, de GBIF, d’iNaturalist, de la Liste rouge de l’UICN et de Wikipédia
- La visualisation en zoom profond des images de boîtes de spécimens, afin qu’un visiteur puisse passer d’une boîte entière au détail d’un seul spécimen sans charger une image surdimensionnée
- Un panneau latéral qui affiche les données d’un spécimen à côté de l’image à laquelle il est associé
- Un export Darwin Core Archive, le format d’échange standard pour les données de biodiversité, qui protège également contre les enregistrements d’espèces en double
Relevés de plantes hôtes
Les termes de taxonomie des lépidoptères sur le site comportent des enregistrements de plantes hôtes : ce dont une chenille de cette espèce est réputée se nourrir. La voie la plus directe aurait été de réutiliser une vaste base de données d’interactions déjà intégrée au site, couvrant les relations entre de nombreux taxons. Nous avons choisi de ne pas le faire : l’agrégation de cette base de données supprime silencieusement la pondération par enregistrement utilisée pour classer l’importance d’une plante hôte, ainsi que deux colonnes, sur les dommages et sur comment et où un spécimen a été élevé, que seul le jeu de données HOSTS propre au Natural History Museum consigne.
Ainsi, le site interroge directement HOSTS et se rabat automatiquement sur la base de données plus large pour les taxons, principalement des espèces tropicales et indo-pacifiques, que HOSTS ne couvre pas. Les résultats apparaissent via le même affichage des espèces apparentées utilisé ailleurs sur le site.
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